Pierwsi, którzy nauczyli się uprawiać pomidory wśród Europejczyków, byli Włosi, nadając tym egzotycznym owocom nazwę „pomoro doro”, co tłumaczy się jako „złote jabłko”.
Inni Europejczycy przez długi czas traktowali pomidory jak trujące. Aż do XVIII wieku, ostrzegano ludzi przed spożywaniem pomidorów, wiążąc je z wewnętrznymi krwawieniami i wrzodami żołądka.
Obecnie nasza wiedza na temat wartości odżywczej tych soczystych warzyw znacząco się rozszerzyła, choć świadomość ich potencjalnych zagrożeń i przeciwwskazań nadal pozostaje. Alergia na pomidory, wywoływana przez obecność likopenu, może rozwinąć się nawet w ciągu godziny po spożyciu warzywa. Dla osób alergicznych, unikanie pomidorów jest koniecznością, choć dla innych likopen stanowi wartościowy przeciwutleniacz, skuteczny w walce z rakiem prostaty.
Pomidory, mimo swych zalet, mogą również prowokować skurcze pęcherzyka żółciowego z powodu ich żółciopędnego działania. Mit o wysokiej zawartości kwasu szczawiowego w pomidorach został obalony – osoby z kamicą moczową powinny je jednak spożywać z ostrożnością. W przypadku ostrego zapalenia błony śluzowej żołądka lub zapalenia jelita grubego, świeże pomidory, podobnie jak wiele innych warzyw, są niewskazane.
Pomidory, gdy są świeże, są niezalecane dla osób z zapaleniem trzustki z powodu ich kwasowej zawartości. Jednak, po minimalnej obróbce termicznej, stają się one bardziej znośne. Dla pacjentów z nadciśnieniem tętniczym, ważne jest unikanie pomidorów konserwowanych octem i zawierających dużo soli, choć świeże pomidory mogą przeciwdziałać gromadzeniu się „złego” cholesterolu.
Pomidory, mimo iż zawierają niewielkie ilości kwasu szczawiowego, są bogate w sole potasowe, które sprzyjają pracy serca. Badania japońskich naukowców potwierdziły korzystny wpływ pomidorów i soku pomidorowego na serce i naczynia krwionośne. Zaleca się ich spożycie osobom pragnącym schudnąć, z uwagi na niską kaloryczność i obfitość witamin oraz błonnika.